3) 반추위 내 미생물 분포 및 성장에 영향을 미치는 요인
반추위 미생물의 분포는 무엇보다도 반추동물이 섭취하는 사료의 성분과 함량 및 분해특성 등에 의해 영향을 받는다. 반추동물이 농후사료를 위주로 섭취할 경우 가용성 탄수화물과 전분을 분해하는 미생물의 수가 급격히 증가되지만 조사료를 다량 섭취할 때는 섬유소 분해 박테리아와 곰팡이의 수가 많아진다. 또한 제 1위 내 미생물 단백질 합성효율을 높이기 위해서는 적절한 수준의 질소를 공급해야 한다. 즉, 질소가 부족하면 발효 과정에서 생성된 에너지가 제대로 이용되지 못하고 반대로 질소 수준이 층분하지만 에너지가 부족해도 질소의 이용률이 낮아진다.
농후사료의 섭취와 관련된 것으로서 반추위액의 pH가 낮아지면 섬유소 및 단백질 분해 박테리아와 메탄 생성 박테리아의 활동이 감소된다.
섭취하는 사료에 따라 제 1위내 pH는 5.5~6.8의 변화를 보이지만 최적의 pH 범위는6.0~6.3이다. 이는 섬유소분해박테리아의 정상 pH 범위가 6.0~6.8이고 전분분해박테리아의 정상 pH 범위가 5.5~6.0이기 때문이다. 또한 일반적으로 사료섭취 5시간 이후는 반추위 내에 분해 가능한 성분이 크게 줄어 미생물간의 2차 분해가 시작되는데, 프로토조아에 의한 박테리아 포식(분해)이 한 예다, 프로토조아는 시간 당 40~12,000개의 박테리아를 삼키는 것으로 알려져 있다.
사료에 항생제와 같은 약품을 첨가할 때도 박테리아의 분포에 영향을 미친다. 즉, 아이노포아계(Iomophore) 항생제인 모넨신이나 라사로시드는 반추위내 그램 양성 박테리아에서 이온의 세포벽 이동을 저해시켜 성장을 크게 감소시키는데, 이에 따라 그램 음성 박테리아의 성장이 상대적으로 증가된다. 이러한 여건에서는 대체로 프로피온산 농도가 증가되고 메탄 생성이 감소된다.
반추위 내용물이 제 3위로 빠져나가는 속도를 통과속도라 하는데, 남아있는 반추위 내용물에 새로운 사료가 유입되어 희석되고 그 일부가 다시 일정한 속도로 빠져나가는 작용이 계속된다 하여 이를 희석률(dilution rate) 이라고도 한다. 특히 반추위박테리아의 성장은 희석률에 의해서 크게 영향을 받는데, 희석률이 높을수록 박테리아의 성장도 증가된다. 사료 섭취량이 증가하거나 환경온도가 낮을수록 희석률이 높아진다. 사료 급여 횟수를 증가시키면 침 분비량이 증가하여 제 1위 내 정상 pH가 유지되므로 제 1위내 사료 분해의 안정화가 이루어지고 미생물의 성장률이 향상된다.